混合物應該移到干凈離心機專用管子中。管子不應該超出冷凍離心機的頂部太多也不可太短。管子為什么不應該超出冷凍離心機頂端? 因為冷凍離心機是以一個很高的速度在旋轉,所以如此可能會造成危險情況發生。而且在做分離時,要注意平衡的問題,通常我們會準備第二管子,管子中添加蒸餾的水,體積等于樣品的體積里面裝載和樣品同等量的液體。這根管子放在樣品槽相對(相反)的位置中。若無如此做平和的動作將造成離心機強烈晃動,甚至掉落地面。

通常在冷凍離心機設計中， 主動減振和被動減振是同時應用的對冷凍離心機而言，一般可以分為三個部位考慮減振;

（1）將主軸軸承座設計成撓性減振型式;

（2）整個驅動系統與機架撓性聯接。

（3）主軸與電機之間以撓性聯接;

冷凍離心機的軸有二種：一種軸細長，本身就有較大的撓性，因而能自動調心。另一種軸較粗短，軸本身的彎曲撓度很小，但層層減振器仍使系統的工作轉速在臨界轉速之上，所以系統仍為撓性系統。雖然同樣是撓性系統，但細長撓性軸和剛性較大的軸運轉時的區別在于;細長撓性軸的自動對中主要是通過軸的彎曲來實現轉子繞著它的質心旋轉， 而剛性較大的軸則是通過整個旋轉系統中各部件的撓性相對位移來實現自動對中的。

同時，我們認為較細長的軸應選用彈簧鋼，較短粗的軸應選用調質臺金鋼較為合理。